サイエントロジー教会が地位や大きさによってさまざまな名前を持つ多様な教会で構成されているのは世界共通である。
一番下の階層にはサイエントロジーやダイアネティックスの基礎となるグループとミッションがある。 それらは、サイエントロジストたちの最小単位の共同体であり、ひとりまたは複数の任命された聖職者によって指揮される。聖職者は、オーディティングや宗教的儀式という基本的なサービスを与え、またサイエントロジーの教義を共に勉強する。ミッションは、共同体としては一番下の階層のものである。 彼らは聖職者を任命することもつくることもできないし、OT(機能しているセイタン [Opeating Thetan])レベルの宗教的オーディティング・サービスにも仕えることができない。
次の階層にはサイエントロジー教会がある。 これらは聖職者たちを生み出し、任命することができる。そしてクリアーのレベルまでのオーディティングを与える。
その上の階層には上級教会がある。 これらは、最高位の聖職者たちを養成し、そしていくつかのOTレベルの聖職者カウンセリングを与えるのである。
フロリダ州クリアウォーターにあるサイエントロジー教会フラッグ・サービス組織は、すべての上級組織の中で一番上級の組織である。 そこでは人々を最高の聖職者レベルにまで養成する。そしてサイエントロジストは、最高のOTレベルに昇格するためにそこへ行くのである。
カリブ海を航行する、フリーウィンズ号で運営されるサイエントロジー教会は例外である。そこは他のどの教会でも授かることのできない特別なOTレベルを与えている。
すべてのセンターにおいてさまざまなレベルの聖職者たちを用意できるわけではなく、中央機関(ローマ、チベット、エルサレム、メッカ)でのみ用意できるような宗教について言えば、この形式の宗教サービスの構造は、そのような宗教のほとんどに共通している。 そこは、牧師、修道士、司祭たちが最高レベルの聖職を叙任することができる場所なのである。
サイエントロジーの宗教的共同体では、聖職者や宗教家たちは共同体内に住み、教会の目的にすべてを捧げて、世俗の妨害や空虚さを放棄しながら、聖職者と信者の真の共同体を形成している。
創設者が運営していた船に乗船していた乗組員によって名づけられたシー・オーガニゼーションには、さまざまな機能を実行する主要な場所が世界に5つある(サイエントロジーが普及している国の多くで、聖職者や信者たちのグループが存在するが)。 これら5つの本部は、イギリスのイーストグリンステッド、ロサンゼルス、フロリダ州クリアウォーター、デンマークのコペンハーゲン、そしてオーストラリアのシドニーである。 これら5つの本部では、他のどこよりも伝道的で聖職者としての任務に捧げている真の共同体精神を感じることができるだろう。 サイエントロジーの聖職者たちは独身でなければならないという義務はないのだが、機能的または献身的な面では、これらの共同体はカトリックを含むその他多くの宗教のそれに似ている。 シー・オーガニゼーションの会員たちは、かなり厳しいメンバー規範に従っているのである。それには、非常に倫理的で一夫一妻の性的関係、すべての薬物(ドラッグ)の使用禁止、宗教の最終目標を達成するために人生のすべてを捧げることが含まれる。
もちろん、最高レベルの聖職者たちのトレーニング、最高レベルのOTへと向かうオーディティング、最高レベルの組織の職務、そして国際的なレベルのサイエントロジーの倫理レベルに対する責任は、このシー・オーガニゼーション(Sea Organization)と呼ばれる宗教団体に委ねられている。彼らは任務に対して身を捧げているのである。