サイエントロジー教会は、階層型の組織と経営組織とを持つ宗教団体である。 一番下のレベルには、これらによって率いられるフィールド・オーディターとダイアネティックスのグループがある。 次のレベルを成すのが、ダイアネティックスとサイエントロジーの基本的なサービスを提供するサイエントロジーのミッションである。 これらは一種の伝道組織であり、新しいメンバーにアプローチすることが狙いである。 ミッションが成長し、その活動が拡張すると、通常サイエントロジー教会になる。 サイエントロジー教会の聖職者は、教会員の結婚、家族やその他の問題に対してサービスを提供し、命名式、結婚式、葬儀など、サイエントロジーの宗教的儀式を行う。 彼らは日曜サービスも行う。
セントヒル・オーガニゼーションは中央教会であり、より高いレベルのオーディターのトレーニングを専門に扱う。 このような中央教会は、ロサンゼルス、シドニー、イギリスのイーストグリンステッド、コペンハーゲンにある。 全世界のサイエントロジストの精神的拠点は、フロリダ州クリアウォーターのフラッグ・サービス・オーガニゼーションであり、最高レベルの宗教サービスを提供する。 フラッグシップ・サービス・オーガニゼーションは、すべての最高レベルのオーディティング（OT VIII）を提供する。 そのトレーニングは、カリブ海域を航行するフリーウィンズ（Freewinds）という船上で行われる。
母教会の機能は、ロサンゼルスの国際サイエントロジー教会によって行われ、世界規模でのミッション・キャンペーンの計画、トレーニング教材の編纂、ハバードの作品を数多くの言語に翻訳している。
