ドイツの宗教団体は、「理想主義」団体や社団法人など、宗教団体と非営利団体の両方に開放されたさまざまな法的形態で機能することができます。 ドイツのサイエントロジー教会は、その宗教的な目的を明確に表明した上で、非営利の理想主義団体という法的形態で登記されています。したがって、その正式な法的地位は、仏教、イスラム教、ヒンドゥー教、クエーカー、エホバの証人、バハイー教団のような、よく知られた他の多くの宗教団体のそれと変わりません。
過去30年、約50もの判決を通じて、ドイツの裁判所は、教会とそのメンバーが、ドイツの基本法（憲法）第4条* によって保証されている宗教の自由の保護を享受するという裁定を下してきました。
以下にその例があります。
- ホッペ 対 サイエントロジー教会ハンブルク（1998年1月5日判決、ファイル番号330 O 169/97）の訴訟において、ハンブルク上級裁判所は教会が「宗教団体として認定」されており、憲法第4条の保護を享受すると認めました。
- ハンブルク市が共同事業者らにサイエントロジーとの関わりがないことを誓約するよう求めていた、いわゆる「セクト･フィルター」をめぐって争われたクルーガー対ハンブルク市の訴訟では、ハンブルク州行政上訴裁判所（2004年6月17日判決、ファイル番号1 Bf 198/00）と、法適用に関する控訴審における連邦最高行政裁判所（2005年12月15日最終判決、ファイル番号 7 C 20.04）の両者が、「原告は、サイエントロジストとしての宗教活動に関して、ドイツ憲法第4条に基づき宗教的･哲学的宗派の保護を主張することができる」との判断を示しました。 この裁定に基づいて、裁判所はハンブルク市にセクト･フィルターの使用を禁じました。
ドイツの裁判所は、信仰、良心、信条の自由に関して述べているドイツ憲法の第4条は、サイエントロジストとサイエントロジー教会に適用されると再三にわたって認定してきました。
｢サイエントロジー組織の大量の理念は、超越的な内容と、世界における人間の位置と意味を扱う。 生命エネルギー（セータ）の担い手としての不滅の魂、セイタン、MESTと称されている物質宇宙とのその関係、無数の生涯を経験する魂の道筋といった事柄に関する、L. ロン ハバードのこれらの教えが信じられているということ、また人にさまざまな救済の段階を認識させ、より高次の存在（クリアーおよび [機能している] セイタン）へと至る道筋が特定されているということは、これがひとつの哲学的な信念あるいは宗教の一派であることを示す特徴と見なされる。」
